L’attività indipendentista uigura ebbe origine nella prima metà del novecento e si proponeva come alternativa all’egemonia dei signori della guerra dello Xinjiang. Durante la guerra civile cinese, si tentò per due volte di istituire uno stato indipendente: dapprima nel 1934, con la creazione della Prima Repubblica del Turkestan Orientale, poi con la Seconda Repubblica del Turkestan, istituita dieci anni dopo. La Seconda Repubblica venne tuttavia annessa alla Repubblica Popolare Cinese nel 1949.
Dal 2001, la lotta su scala mondiale al terrorismo islamico ha coinvolto anche alcuni dei gruppi politici d’ispirazione islamica più vicini agli uiguri; a seguito di ciò, si è intensificata la repressione da parte cinese dei movimenti indipendentisti.
Nel corso del 2018 si sono intensificate le polemiche sulla detenzione di un gran numero di uiguri in campi di “trasformazione attraverso l’educazione” e sull’esatta natura di questi campi. Il governo cinese sostiene che si tratta di istituzioni educative.
